Die Anfänge des Südwestdeutschen Arbeitskreises für Stadt- geschichtsforschung reichen bis ins Jahr 1957 zurück; als Götz Freiherr von Pölnitz, Fugger-Archivar und späterer Gründungsrektor der Universität Regensburg, anregte, die Geschichte der oberdeutschen Reichsstädte verstärkt vergleichend zu betrachten. In der folgenden Diskussion kristallisierte sich schon bald der Gedanke heraus, nicht nur die Reichsstädte, sondern die Geschichte aller Städte in die vergleichende Betrachtung einzubeziehen. Allerdings erhielt die Idee, ein Forum für die Stadt- geschichtsforschung in Südwestdeutschland zu schaffen, erst 1960 weiteren Auftrieb: Gerd Wunder (Schwäbisch Hall) und Otto Feger (Konstanz) beantragten beim Südwestdeutschen Archivtag in Ottobeuren die Gründung eines "Arbeitskreises für Südwestdeutsche Stadtgeschichtsforschung", der allerdings keine feste organisatorische Basis haben sollte. Ein Arbeitsausschuss, bestehend aus Heinz Friedrich Deininger (Augsburg), Otto Feger, Berent Schwineköper (Freiburg i. Br.) und Gerd Wunder, leistete die Vorarbeiten, und am 5. März 1961 fand in Stuttgart erstmals eine kleine Arbeitstagung statt. Der "Stadtgeschichtliche Arbeitskreis" erhielt bei dieser Gelegenheit eine feste Form, der Arbeitsausschuss wurde personell erweitert; Berent Schwineköper übernahm die Geschäftsführung, bis ihn 1963 Jürgen Sydow (Tübingen) in diesem Amt ablöste. 1962 fand wiederum in Stuttgart die erste größere Arbeitstagung zum Thema "Stadt und Stadtkirche" statt. Die Ergebnisse dieser Tagung blieben noch ungedruckt, für die zweite und dritte Tagung des Arbeitskreises in Tübingen bzw. Memmingen entstanden immerhin vervielfältigte Protokolle. Die Verhandlungen der vierten Tagung 1965 in Donaueschingen wurden dann erstmals gedruckt veröffentlicht, seit der fünften Tagung (Schwäbisch Hall 1966) liegen über sämtliche Tagungen des Arbeitskreises Sammelbände vor. Zunächst übernahm die Kommission für geschichtliche Landeskunde in Baden-Württemberg die Publikationen in die Reihe B ihrer Veröffentlichungen, seit 1977 erscheinen sie in einer eigenen Publikationsreihe mit dem Titel "Stadt in der Geschichte"; bis heute liegen insgesamt 41 Bände vor.

1965 fasste der Arbeitskreis den Entschluß, sich als nicht rechtsfähiger Verein unter dem Namen "Arbeitskreis für Südwestdeutsche Stadtgeschichtsforschung" zu konstituieren. Den Vorsitz übernahm Erich Maschke (Heidelberg), Stellvertreter wurde Walter Grube (Stuttgart). Die Umbenennung in "Südwestdeutscher Arbeitskreis für Stadtgeschichtsforschung" trug dann der bis heute gültigen Konzeption Rechnung: Die im Arbeitskreis tätigen Wissenschaftler kamen vorwiegend aus Südwestdeutschland, nehmen aber auch Städtelandschaften außerhalb des deutschen Südwestens insbesondere in vergleichender Perspektive in den Blick. 1980 übernahm Bernhard Kirchgässner (Mannheim) als Nachfolger von Erich Maschke den Vorsitz des Arbeitskreises, wenig später löste Walter Bernhardt (Esslingen) Jürgen Sydow als Geschäftsführer ab. Bernhard Kirchgässner nahm die Geschicke des Arbeitskreises in schwieriger Zeit in die Hand, konsolidierte diesen jedoch in kurzer Zeit. 1998 wurde Bernd Roeck (Zürich) neuer Vorsitzender, der an die Erfolge des Arbeitskreises anknüpfen konnte und diesen auf eine solide finanzielle Basis stellte. Ein Jahr später löste Helmut Richter (Fürth) Walter Bernhardt als Geschäftsführer ab, der dieses Amt bis 2005 innehatte. Der scheidende und die neue Vorsitzende im Goldenen Saal des Augsburger Rathauses. Seitdem gibt es keine Geschäfts-führung mehr. Die Aufgaben werden von dem sechsköpfigen Vorstand gemeinsam ausgeführt. Nach 19 erfolgreichen Jahren schied Bernd Roeck im November 2017 aus seinem Amt aus. Der Beirat wählte Prof. Gabriele Clemens, Saarbrücken, zu seiner Nachfolgerin.